Modele de masute mici

L`analyse de réseau représente une alternative prometteuse dans de telles circonstances limitées de données [22 – 24]. Comme beaucoup de voies moléculaires dans l`EIA sont qualitativement bien décrites, les réseaux d`interaction peuvent être une approche appropriée pour caractériser l`EIA. Ces réseaux sont des représentations simplifiées des systèmes biologiques dans lesquels les composants du système tels que les gènes, les protéines ou les cellules sont représentés par des noeuds et les interactions entre eux par les arêtes [25]. Les modèles de réseau booléen, initialement introduits par Kauffman [26, 27], représentent les modèles dynamiques discrets les plus simples. Ces modèles supposent seulement deux États discrets pour les noeuds d`un réseau, ON ou OFF, correspondant aux valeurs logiques 1 (actif) ou 0 (non actif, mais pas nécessairement absent) [28]. Un modèle logique bien conçu pourrait générer des résultats prédictifs en raison d`un ensemble de conditions initiales. Des cadres qualitatifs et logiques ont émergé comme des approches pertinentes avec différentes applications, comme en témoigne un nombre croissant de modèles publiés [29]. En complément de ces applications, plusieurs groupes ont fourni diverses méthodes et outils pour soutenir la définition et l`analyse des modèles logiques, comme cela peut être vu par les récentes réalisations du Consortium pour les modèles et outils logiques (CoLoMoTo) dans la logique modélisation [30]. Il existe déjà plusieurs outils pour la modélisation booléenne des réseaux de régulation dans lesquels il est possible de définir des relations directes d`inhibition d`activation entre les composants du réseau, tels que BoolNet R [31] ou GINsim [32].

Plus récemment, le paquet R SPIDDOR (pharmacologie des systèmes pour le développement efficace de médicaments sur R), entre autres, a mis en place de nouveaux types d`interactions et de perturbations réglementaires dans le système, tels que les modulateurs positifs et négatifs et la les altérations du polymorphisme, qui conduisent à une dynamique plus riche entre les noeuds [28]. . Dans cet article, nous proposons un modèle logique pour la maladie intestinale inflammatoire (IBD) qui se compose de 43 noeuds et 298 interactions qualitatives. Le modèle présenté est capable de décrire les mécanismes pathogènes du trouble et décrit qualitativement l`inflammation chronique caractéristique. Une analyse de perturbation effectuée sur le réseau IBD indique que le modèle est robuste. En outre, comme décrit dans les essais cliniques, une simulation de l`aphérèse anti-TNFα, anti-IL2 et granulocyte et monocyte a montré une diminution du noeud de métalloprotéinases (MMPs), ce qui signifie une diminution des lésions tissulaires. En revanche, comme l`ont démontré les essais cliniques, une simulation de la thérapie de surexpression anti-IL17 et anti-IFNγ ou IL10 n`a montré aucun changement majeur dans l`expression des MMPs, comme cela correspond à une thérapie ratée. Le modèle s`est avéré être un outil prometteur en silico pour l`évaluation des cibles thérapeutiques potentielles, l`identification de nouveaux biomarqueurs d`EIA, l`intégration des polymorphismes d`EIA pour anticiper les répondeurs et les non-répondeurs et peut être réduit et transformé en modèle quantitatif/s. le tableau 2 contient l`ensemble complet de BF qui module le signal initialisé par les antigènes par l`activation de différents récepteurs de reconnaissance de modèle (TLR2, TLR4 et NOD2 noeuds) et l`impact sur le noeud de sortie (MMPs) comme le destinataire de modulation interne du signal d`antigène.

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